Bij de overgang van de rivier naar zee ontstaat brakwater. Het zoete water uit de rivier mengt zich met het zoute water van de zee. Dit gebied staat voortdurend onder invloed van waterbewegingen door de getijden en de variatie in waterafvoer van de rivier. Het zoutgehalte, erosie, de aanvoer van meststoffen en organisch materiaal zijn belangrijke factoren die dit ecosysteem tot stand brengen. Deze gebieden zijn erg belangrijk voor vissen om te paaien en volwassen te worden.
In de ondiepe delen van het brakke water, warmt het water snel op waardoor het een goede paaiplaats is voor vissen. In brak water leven vele kleine organismen als mosdiertjes, brakwaterpoliep, kreeften, muggenlarven, zeeduizendpoot, kokerjuffers, garnalen, pissebedden, insecten, schelpen en vele slakjes. Het systeem heeft een grote diversiteit aan habitats en soorten. Daarom functioneert het als een kraam- en opgroeigebied voor vissen en garnalen. Je kunt het een beetje vergelijken met een mangrovebos.
Het brakwater habitat is een relatief zeldzaam habitat in Noordwest Europa.
Een groot deel van de West-Nederlandse veengebieden werd vroeger beïnvloed door zeewater. Landschappelijk is het brakwater getijdengebied misschien wel het meest oorspronkelijke Nederlandse landschap: daar waar de rivieren traag meanderend tot stilstand kwamen in de zoute golven is ons land in feit ooit ontstaan.
Helaas komen er in Nederland geen brakwatergebieden meer voor waar het zoete en zoute water vrij spel hebben.